日本的民族构成比较单一，但不能简单地将其称作"单一民族国家"。所以这样说，是因为日本列岛上除了人们熟知的"大和人"以外，还生存和繁衍着别具民族特征的阿依努人和琉球人。
（1）大和人
大和人亦称"和人"，是日本民族的主体，约占总人口的98%以上。大和人属蒙古人种东亚类型，其系统特征是头较短，黄皮肤，黑头发，体毛和胡须较少。耳垢为干性。眼睑中有被称作"蒙古襞"的皱襞。血型以A型居多，其他依次为O型，B型，AB型。大和人原来身材较矮。我国历史书上将其称作"倭人",据说就与此有关。近年来，大和人的平均身高已有明显增加。据统计其男人的平均身高已达170厘米左右，在世界上属于中上水平。
（2）阿依努人
阿依努人旧称"虾夷人"，属于千岛人种类型。在体形上，阿依努人具有蒙古人种的基本特征，略微兼有赤道人种的某些特征：肤色黑黄，体毛浓密，腿长腰阔，头大颧高。他们不仅拥有自己的语言--阿依努语，而且还具有独特的文学和独特的音乐和舞蹈。阿依努人信奉一种带有浓厚的萨满教色彩的宗教，经常举行"熊祭"，"鲸祭"等宗教仪式--这与他们自古以来一直过着以渔猎，采集为主要生存手段的自给自足的生活有密切联系。到了现代，阿依努人的上述民族特征已经所剩无几，处于被和人逐渐同化的过程之中。
但是，同化现象的出现并不等于阿依努民族的消失。据统计，现在还约有2.5万阿依努人集中生活在北海道的胆振，日高等地。
（3）琉球人
琉球人目前约有120万人，绝大部分生活在日本冲绳县所在地--琉球群岛。琉球人虽然与大和人同属蒙古人种，但与大和人相比，他们的身材略矮，眉毛较浓，颧骨稍高。古代琉球人以部落为单位群居，14世纪时建立了三个小国，1429年由尚巴志统一为琉球王国，与中国结成朝贡册封关系。17世纪初遭日本萨摩藩侵略并开始受其控制，1879年，琉球被正式纳入日本版图。
琉球人有自己的语言--琉球语。琉球语虽然与日语属于同一语系，但语音，语法，语汇都与日语有很大不同。琉球人原本没有自己的文字。16世纪以后，一些上层人士开始用汉字和日语假名记事。下层民众在流行一种叫做"斯丘码"的象形文字，也有人靠结绳记事。琉球被并入日本以后，明治政府推行同化政策，强令琉球群岛上通用日语。现在，年轻的琉球人多已不会讲琉球语。
琉球人的文化受中国和日本本土的影响较大。从宗教上看，琉球人中既有信奉佛教和神道教的，也有不少道教的信徒。他们同我国汉民族一样有清明节扫墓的习俗。他们还喜欢在屋顶放置石狮像，在交通要道的路口放置一种叫做"石敢当"的石兽，这些也与我国南方某些地区的习俗相似。在饮食方面，琉球人喜欢喝一种名叫"泡盛"的白酒，吃油多的菜肴，还喜欢吃猪蹄。这些习俗有别于大和人。
在20世纪80年代开始不少日本学者到中国西南地区搞寻根活动认为日本人是中国古代百越民族的后代，中国西南少数民族就是古代百越民族的后代。一些日本的上层人物则认为自己是中国历史上许多大人物的后代，奇袭珍珠港的主要策划人原田实认为自己是东汉汉献帝的后代因在公元4世纪躲避五胡乱华而逃亡日本。演员山口百惠认为自己是唐朝杨玉环的后代有日本藤原家族的血统。日本冈村宁次就称自己是明朝徐达的后代，明朝灭亡后徐达后代徐青山成为乞丐逃亡日本成为冈村家族的奴仆就姓冈村，做个江户的消防队员的差。东条氏则是中国西夏王元昊的后代，西夏灭亡后西夏王族一支逃到南宋南宋灭亡以后他们又逃亡日本投日本的宝藏氏后分家自立东条氏。
