航空
到日本去的最为方便的交通工具是乘坐飞机。日本主要的国际机场是成田国际机场和位于大阪近郊的关西国际机场。从这两个机场出发，有很多搭乘方便的飞往日本国内各城市的飞机航班。日本的航空公司--日本航空（JAL）、全日空（ANA）、日本 AIR SYSTEM（JAS）都有连接欧洲、亚洲和美洲各主要城市的庞大的航线网络。另外，世界各国的主要航空公司也有飞往日本各主要城市的飞机航班。
铁路
日本的铁路铁路总长4.7万公里，铁路中的新干线是长距离客运的主要交通手段，也是向外国旅客推荐的主要交通工具。新干线每隔十几分钟就有一班从东京开往国内各主要城市的列车。
新干线被人们称为"理想的超级特快"，线路有东京至大阪间的东海道新干线、大阪至博多间的山阳新干线、大宫至盛冈间的东北新干线、大宫至新泻间的上越新干线和福岛至山形间的山形新干线等等。此外，在日本的主要大城市中，地铁交织如网，遍布各处，较汽车更为迅捷、准时、方便。
日本的列车车票价格除了根据乘坐距离远近而不同之外，乘坐特快列车、快车等种类的列车和乘坐绿色列车(头等列车)、对号入座车、卧车等座席种类有所不同的列车时还要另外增加支付费用。
短途旅客的列车车票可以在各车站的自动售票机处购买。短途旅客的列车车票可以在各车站的自动售票机购买，而长途列车车票则要到车站内的"绿色窗口"处购买。
公路
高速公路非常发达，以东京至小牧、小牧至西宫、吹田至下关的公路为首，东北纵贯、九州纵贯、北陆中央等都已全线贯通。此外，还有东京内的首都高速、连接各高速公路的外环高速等，每年都有新的高速公路建成。
水运
日本有几家轮船公司开设有从国内主要港口通往俄罗斯、韩国和中国各港口城市的定期航班。尤其是从日本的福冈市和下关市到韩国，有轮渡和高速轮船在通航。
其它
公交车：在日本，无论白天还是黑夜，城市间的长途汽车班次都很多，而且票价相对飞机、火车要便宜，建议旅游时间比较宽裕的游客选择。在城市内部会有不同汽车公司运行的定时汽车线路。各家公司的车费不一样，但是在市内行驶的公交车票价一般在200日元上下。
电车：日本电车套票适用于日本铁路经过的所有路线，并可以在有效期限之内不限次数使用，套票分为绿色（37800日元/7天）、普通（28300/7天）两种，持有绿色套票者，乘特等车或舱室时不需另外付费。6-11岁儿童票为成人票价的一半。
出租车：日本城市出租车数量庞大，而各地车站、机场都设有出租车的专门站点，可以说是非常方便的交通工具之一。由于日本车辆是靠左行驶，所以乘客要从车辆左侧后门上下，而司机会主动给乘客开关车门，敬请留意。
汽车租赁：大部分的城市，以及机场和车站，都有汽车租赁公司提供服务。您在出示自己的国际通用驾驶执照之后就可以租赁车辆旅行日本了；但要事先预约。
小贴士：日本的汽车靠左行驶，走高速道路要收费。
