斯洛伐克是一个宗教氛围很浓厚的国家，信教居民占居民总数的84.1%，居民的宗教意识日渐强烈。国家宪法保障居民宗教信仰自由尊重这一权利并在实际中认真贯彻执行，政府各级机构，包括法院以保护宗教信仰自由的方式来阐释法律。国家不禁止非传统宗教的存在，根据法律政府还可以与教区签定协定。2001年，斯洛伐克政府与梵蒂冈签定了国际条约，它为斯洛伐克天主教会、政府和梵蒂冈的关系制定了法律框架。2002年，斯洛伐克政府与其他11个已注册登记的教会和宗教团体签定了类似的协定，以保障它们获得平等的地位。2004年5月，斯洛伐克总统签署了一个关于教授宗教课程的条约，它规定国有小学的学生有义务在伦理和宗教之间选择课程（在这以前，只有5~9年级的学生才有此义务）。宗教课程由教会领导人或宗教组织派遣的教师来教授。一些宗教节日在斯洛伐克被规定为全民庆祝的节日，如主显节、圣母玛利亚苦难日、万圣节、圣史特凡节、圣诞节和复活节等。
斯洛伐克的最大宗教团体是罗马天主教，所占比例为68.9%。罗马天主教会是斯洛伐克信徒数量最庞大的教会，2001年有3 708 120名信徒，占斯人口的68.9%。共有2000名牧师，17名主教，4名名誉主教，1名军事教区主教。此外，斯还有两名红衣主教。全国分为两个教会省，其中心分别是布拉迪斯拉发-特尔那瓦大主教区（下辖尼特拉主教区、班斯卡·比斯特里察主教区）和科希策大主教区（下辖罗日亚瓦主教区和斯皮什波德赫拉杰主教区）。主教大会是斯洛伐克天主教会的最高机构，设在布拉迪斯拉发。历任教皇对斯洛伐克都怀有深厚的感情，多次访问这个天主教气息很浓的国家。教皇约翰·保罗二世在剧变后三访斯洛伐克，第一次是在1990年4月，他访问布拉迪斯拉发；第二次是在1995年6月，他表彰了科希策的三名殉道者，在尼特拉和沙什基那举行了大型群众性弥撒；第三次是在2003年9月，他在身体健康状况极为不佳的情况下访问了布拉迪斯拉发-特尔那瓦大主教区、班斯卡·比斯特里察主教区和罗日亚瓦主教区。
斯洛伐克的第二大教会是福音派新教，新教徒是所占人口的6.9%，分布在东、西两个郊区。福音派新教教会强调宣传耶稣基督福音，以《圣经》为唯一信仰基础，并积极从事国内外传教事业的基督教会。
斯洛伐克的其他宗教还有，希腊天主教会 ，教徒占人口的4.1%，主要集中在斯洛伐克东部地区。有普雷肖主教区、科希策主教管区和各个基层教区。加尔文宗教，占人口的2%，主要集中在斯洛伐克南部匈牙利少数民族聚居地。东正教，2001年有信徒50 363人，占人口的0.9%，主要集中在斯洛伐克东部和东北部地区，那里距离斯乌边境不远。罗塞尼亚少数民族通常也与东正教联系在一起。
